Het schoolbestuur is de organisator van het onderwijs in onze school. Zij is verantwoordelijk voor het beleid  en schept de noodzakelijke voorwaarden voor een goed verloop van het onderwijs.  Het schoolbestuur is een vereniging zonder winstoogmerk, die officieel heet : "V.Z.W. Margareta-Maria Instituut". De maatschappelijke zetel ervan is gevestigd in Handzamestraat, 18 te Kortemark.. Het schoolbestuur is als volgt samengesteld: Voorzitter  :  Geert Logghe  Secretaris  : Ludo Cobbaert  Leden :       Chris Ghesquière Chris Pollet Marc Depauw  Maria Vandenabeele zr. Lut Vercruysse zr. Godelieve Vlaemynck Rita Suenens (zr. Margareta-Maria) Debbie Hebbelinck